Бесценный природный дар Таджикистана - полноводные реки. Большинство их принадлежит бассейну Аральского моря, лишь некоторые памирские реки несут свои воды в озеро Каракуль или в бассейн Тарима (Китай). Реки отличаются одна от другой источниками питания, режимом и хозяйственным значением. Важнейшие среди них - Пяндж, Вахш, Амударья, Сырдарья, Зеравшан, Кафирниган,- зарождаясь высоко в горах, они питаются водами ледников.
Одна из крупнейших рек, Пяндж, протекает на расстоянии 921 км вдоль южной границы республики. Почти на 525 км протянулась по Таджикистану его главная водная артерия - Вахш. При слиянии Пянджа и Вахша образуется самая многоводная река республики - Амударья. Но Таджикистану принадлежит небольшой отрезок ее течения - всего 85 км.
Другая крупная река Центральной Азии, Сырдарья, пересекает Северный Таджикистан на участке длиной 105 км. В центре республики течет стремительный и бурный Зеравшан. На юге несет свои воды в Амударью, Кафирниган. В горах реки прорезают узкие долины, нередко текут в каньонах с отвесными стенами. Каньоны известны на некоторых участках долин по Пянджу, Муксу, Бартангу, Язгулему, Шахдаре, в среднем течении Вахша, на Зеравшане, Ягнобе, Обихингоу. Для горных участков рек характерно также крутое падение русла, достигающее нескольких метров на километр, а в некоторых местах оно составляет десятки и даже сотни метров на километр. Поэтому реки отличаются бурным течением. Иногда они низвергаются шумными кипящими потоками. Но как только реки вступают на предгорные равнины, характер их меняется. Они разбиваются на протоки и рукава, делаются шире, течение их становится более спокойным. Таковы реки Сырдарья, Вахш, Кафирниган, Пяндж. Они очень многоводны, но сток их чрезвычайно неравномерен по сезонам.
Паводки в Таджикистане протекают бурно и быстро. У рек ледникового питания их обычно два: весенний при таянии снега и выпадении дождей и летний, вызываемый талыми ледниковыми водами и водами вечных снегов. Реки, питающиеся сезонным снегом и дождями (реки предгорий), имеют один паводок - весной. В холодное время года водность всех рек сокращается в несколько раз, и они сильно мелеют. Режим рек, несущих больше всего воды весной и летом, благоприятствует искусственному орошению. Но значительные колебания водности в течение года затрудняют использование их энергии. Поэтому для регулирования стока необходимо сооружать водохранилища.
Запасы белой энергии в таджикских реках очень велики. Громадной энергией обладают Вахш и Пяндж. Для гидроэнергетиков представляют интерес и небольшие реки, вытекающие из озер. Среди них выделяются Искандердарья, Бартанг и Гунт. В прошлом долины их были перегорожены мощными горными обвалами. Выше этих естественных плотин возникли значительные озера.
При относительно небольших затратах на реках можно сооружать мощные гидроэлектростанции.
Озер в республике сравнительно немного. Расположены они в основном на Памире и в горах Центрального Таджикистана. На равнинах их мало, и встречаются они лишь в поймах рек. По происхождению котловин озера делятся на тектонические, ледниковые, завальные, карстовые, пойменные. В горах большинство озерных котловин возникло в результате тектонических процессов, деятельности ледников или обвалов.
Самое крупное ледниково-тектоническое озеро Каракуль, расположенное в Восточном Памире на высоте около 4000 м, соленое и почти безжизненное. Его площадь без островов 380 кв. км, а максимальная глубина - около 240 м.
Озера Сарезское и Яшилькуль, образовавшиеся в результате землетрясений и горных обвалов, окружены крутыми" дикими берегами и богаты рыбой. Сарезское озеро очень глубокое. Его глубина превышает 500 м. В горах Зеравшанского хребта лежит тектоническое ледниково-завальное озеро Искандеркуль, привлекающее своей живописностью множество туристов.
На предгорных равнинах озера возникли в поймах рек из стариц, а также в карстовых котловинах в результате просадок в лёссе или в других легкоразмываемых породах. Карстовые озера обычно небольшие, но глубокие.
В республике созданы искусственные водоемы. На Сырдарье и Вахше сооружены Фархадское, Кайраккумское и Головное водохранилища. В верховьях Вахша возникло Нурекское и другие водохранилища. Искусственные "моря" обеспечивают нормальный режим работы турбин, способствуют орошению и водоснабжению, развитию судоходства.
Благодаря обилию горных рек и озёр Таджикистан привлекает туристов - любителей экстремального спорта. Здесь есть отдых на любой вкус: альпинизм, отдых у костра, конные переходы и многое другое - всё это делает этот район особенно привлекательным.
Животный мир рек и озер сравнительно беден. Некоторые виды рыб - сазан, лещ, сом, маринка, форель - имеют промысловое значение. Лов существует главным образом на Сырдарье, Вахше и Кафирнигане.